Non ho mai avuto modo di lavorare sui lunghi file MP4, tipo un film intero (magari di oltre un'ora) composto da un solo file, ma penso che se nel punto esatto che vuoi posizionare il marker di un capitolo, tu possa, con il tasto forbice effettuare un taglio senza fare altro... e lì inserire il tuo capitolo.
Almeno credo si possa fare così, spero di aver intuito giusto.
Ciao.