Non sono espertissimo di Audition...
L'ho solo usato molte volte, ma per fare cose davvero elementari... Per migliorare l'audio, i consigli di Gae sono la cosa migliore: bisogna smanettare sulle funzioni di Noise Reduction, Hiss Reduction ecc... e trovare il miglior compromesso possibile. Ti consiglio questo ottimo tutorial
http://www.videomakers.net/modules.php?name=News&file=article&sid=275&mode=&order=0&thold=0 su come eliminare i fruscii ed i disturbi. E' per Cool Edit, che poi non è altro che la versione più vecchia di Audition, quindi va benissimo. Per il 5.1, non so aiutarti, ho solo provato a farlo un paio di volte con Premiere Pro su alcune clip.
Per masterizzare il cd, che software usi? Ribadisco che ti basta selezionare tutte le tracce che hai creato, avendo cura di metterle nell'ordine giusto, e masterizzare il tutto selezionando l'opzione di "nessuna pausa tra le tracce".
Ciao!