Le ragioni possono essere tante, quella principale è che il sw non fa bene il suo lavoro. Il fatto di spezzare i file è una necessità del file system supportato ma si dovrebbe spezzare sugli iframe per evitare questi problemi.
Potresti provare ad unire i file con i comandi DOS di windows, come consigliato anche in altri forum, aprendo una shell e dando questo comando:
Codice: Seleziona tuttoCOPY /B filmato_1.mpg+filmato_2.mpg filmato_finale.mpg
Naturalmente è possibile cambiare le estensioni se fossero diverse.
Il sistema dovrebbe funzionare purchè il file sia spezzato "brutalmente", come sembra succedere a te, in mezzo ad un GOP.