Ciao, è buona norma inserire nel titolo anche la versione di AE (CS3-4-5-5.5), se non altro per poter dare una risposta + precisa.
Riguardo alla tua domanda, genericamente, i filmati con sfondo trasparente hanno il cosiddetto "canale alfa", che consente una volta importati nei prog. di compositing di poter gestire la trasparenza(
http://it.wikipedia.org/wiki/Canale_alfa).
Da ae occorre specificare il tutto nelle opzioni di esportazione del filmato.
Ciao
Claudio