Semplice, il disegno è realizzato con delle zone in trasparenza, sotto viene inserita la clip video. Oppure (ad esempio in AE) con delle maschere sulla clip video che in questo caso sarà in overlay.
Se tu vuoi realizzare ex-novo un video del genere è più semplice adottare la prima soluzione, altrimentio se devi usare un cartoon già pronto vai di maschere...
Ciao
Claudio