Ciao,
Intanto stai usando VP19 o VP20?
1) Quando e perché il legacy HEVC deve rimanere abilitato?
In genere mai, soprattutto con VP20, solo se si riscontrano problemi particolari con i file H.265.
In ogni caso il tuo problema non è legato al LEGACY HEVC o all'uso della codifica Hardware, quanto che i video sorgenti sono stati registrati con Smartphone è al 99,9% sono con framerate variabile, cosa molto utile per risparmiare spazio, ma decisamente deleteria per l'editing video.
Se controlli con MEDIAINFO i file sorgenti vedrai che ti indica VARIABLE FRAMERATE.
In tal caso la soluzione è sempre quella di transcodificare i video sorgenti da VFR a CFR (Constant Framerate), risolve nel 99,9% dei casi.
Per farlo puoi usare molti tool diversi, io uso HAPPY OTTER SCRIPTS che ha un tool di importazione dei video in VEGAS Pro che consente di fare il rewrap da MOV a MP4 e soprattutto di convertire da VFR a CFR.
Oltre questo, il tool fa "mille mila" atre cose.
https://tools4vegas.com/home/
Ciao