Lo shutter della tua camera non "agganciava" la frequenza di refresh del videoproiettore.
Molti proiettori di vecchio tipo tuttora in uso nelle sale convegni "sparano" immagini a circa 60Hz quando lo shutter tipico di ogni camcorder europeo è settato a 1/50 di secondo.
Questa discrepanza si vede
da subito in sede di ripresa, con lo stesso disturbo che stai riscontrando ora (forse un mese fa ti era sfuggito), quindi bastava settare il tempo di shutter a 1/60 di secondo.
Oppure usare la funzione "synchro shutter" (il nome può variare da camera a camera) per disporre pazientemente la telecamera alla stessa frequenza di shutter dell'immagine proiettata, qualunque essa fosse stata.
In post non puoi far QUASI nulla...
Rendere il tutto progressivo in timeline sfruttando il field-blending potrebbe abbassare di poco l'intensità dello sfarfallio, ma dipende SOLO dalla frequenza dello sfarfallio stesso.
Ammesso tu abbia ripreso in interlacciato, ovvio.
Più i cicli chiaro-scuro sono repentini, migliore sarà il risultato.
Soluzione in extremis (solo se le tue inquadrature sono prevalentemente FISSE), ti potresti far dare una copia di quanto è stato proiettato su schermo durante le tue riprese (fosse anche la ripresa CCTV della sala convegni) e fare un compositing sul tuo girato, un 3D picture-in-picture in corrispondenza dello schermo...
Tuttavia, capisco che non è sempre possibile...