Secondo me non è la compressione video ma proprio rumore digitale che viene principalmente da una scarsa illuminazione (direi che non hai abbondato in luce).
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Come puoi vedere tu stesso le waveform del video scopes non arrivano a 50 IRE.
Premesso che la D7000 non è proprio la più indicata per i video, se avessi esposto meglio verosimilmente avresti ottenuto risultati migliori: con che shutter speed hai lavorato e che diaframma avevi scelto?
Alla tua domanda esistono due risposte: 1) esponi meglio quando riprendi; 2) puoi usare dei denoise tipo neat video.